Na fissura anal aguda o tratamento é clínico, isto é, com melhora da alimentação e hábitos de higienização bem como tratamento local com medicamentos e pomadas adequadas. Uma das principais causas de fissura, a constipação intestinal, pode ser corrigida com alimentos ricos em fibras e boa hidratação, pois melhoram a consistência das fezes e aumentam a frequência evacuatória. Fazer a higienização anal com água, após as evacuações, diminui o atrito causado pelo papel higiênico.
Na forma crônica o tratamento de escolha é a cirurgia, que consiste na remoção do tecido comprometido (fissurectomia). A remoção deve incluir não só a ferida (fissura), como também o tecido fibrótico (cicatriz endurecida) ao seu redor, pois essa fibrose evita a cicatrização e fechamento da fissura. Esse procedimento permite então que a cicatrização da fissura aconteça (como se estivéssemos transformando a fissura crônica em uma aguda novamente). Em alguns casos, corta-se parcialmente o músculo do ânus (esfíncter anal) para que haja maior relaxamento no momento da evacuação, na tentativa de evitar-se o aparecimento de novas fissuras no futuro.
O procedimento é realizado em centro cirúrgico e requer jejum de 8 horas. Geralmente não é necessário fazer lavagem do canal anal antes da cirurgia. A anestesia geralmente é a raqui ou peridural, associada com sedação. Em média, a cirurgia leva cerca de 30 minutos. A alta hospitalar é dada no dia seguinte ao da cirurgia e o paciente volta às suas atividades cotidianas cerca de 15 dias após a operação.
