O melhor tratamento para apendicite aguda é a cirurgia (apendicectomia). Deve ser realizada o mais breve possível para que não se desenvolvam complicações, como abscessos no apêndice ou perfurações do órgão com saída de pus para a cavidade abdominal, levando a peritonites ou sepse (infecção generalizada). A cirurgia consiste na retirada do apêndice cecal. Essa remoção pode ser feita por laparotomia (cirurgia com corte) ou laparoscopia (colocação de microcâmera e pinças especiais através de 3 ou 4 orifícios).
A cirurgia é realizada em caráter de urgência, se possível após período de 8 horas de jejum. Nos casos complicados a cirurgia é considerada como emergência médica, devendo ser feita mesmo sem jejum adequado, na maioria das vezes sob anestesia geral. O procedimento demora cerca de 30 a 60 minutos nas apendicites em fase inicial. Nos casos complicados, o tempo dependerá do procedimento associado a ser realizado.